安徽国防科技职业学院工会始建于1986年,当时学校为安徽省国防科技工业学校。

2003年6月，经安徽省人民政府批准，由安徽省国防科技工业学校独立升格为安徽国防科技职业学院。2006年5月27日，学校召开第一届教职工代表大会；2012年5月26日，学校召开第二届教职工暨工会会员代表大会；2017年11月25日，学校召开第三届教职工暨工会会员代表大会。大会选举产生了新一届工会委员会、经费审查委员会、女职工委员会等工作机构。

校工会下设6个二级学院分会和9个由职能处室组成的直属分会，共15个分会组织。

30多年来，在学校党委和上级工会的领导下，工会认真履行基本职责，充分发挥党联系职工群众的桥梁纽带作用，先后多次被安徽省总工会、省国防工业工会授予“先进职工之家”，先后荣获“安徽省国防科技工业劳动竞赛先进单位”、“国防工会落实工会工作目标责任制先进单位”、“国防工会职工互助保障先进单位”、“市直单位职工运动会优秀组织奖”等十几项荣誉。2016年，又在相关部门配合下，成功获批“全国职工教育培训示范点”。

学校工会工作的指导思想是：坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观和习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在校党委和上级工会的领导下，紧紧围绕学校“十三五”发展目标，以服务学校改革发展、服务职工为己任，以教代会参与学校民主管理为重要形式，以师德建设和为教职工做好事、办实事、解难事为重点，围绕中心、服务大局，着力加强维护职能，积极发挥民主管理、民主监督作用和桥梁纽带作用，努力推进自身建设，凝心聚力、真抓实干、积极作为，为把学校建设成为国家优质专科高等职业院校而努力奋斗。